Re：209系

鉄道博物館で、今まで2両並んで保存された車両は485系のみで、今回のほぼ同型の先頭車2両とは位置づけが違うんじゃないかなと思います。遠い将来、もし最後まで残った209系がこれら2両だったとき、保存対象になる可能性は否定しませんが、そこまで折り込んで大宮に持ってきたとは思えません。
保留車は車籍を有している必要があるので、今回の廃車体は当てはまらないのではと思います。事故予備としての保存は私自身も有力視していましたが、予備車は保留車として残すのが普通です。一旦廃車にした車両を復旧するのは様々な制約があり、イベント用保存車両を除いて、ほとんど例がありません。

廃車が大きく影響するのは車体の移動ですね。車籍を失ってしまうと、配給扱いでの輸送が不可能になるので、今回の車両が本線上に出てくることは（少なくとも当面の間）なさそうです。

そうですね。簡単に考えてましたが、そういうこともあり得ますね。
同車の今後が気になるところです。