205系の転属時と異なり、今回の209系の転属は計画のスタートが遅れた感があります。
転用対象車の保管は2008年2月から始まり、それ以前の車両は経年関係なく廃車になっています。改造自体も2008年度末まで着手せず、それまでに離脱した転用対象車は各地に疎開されました。各総合車両センターの能力の関係で、転用改造は2013年まで続きました。また、東日本大震災の関係で、一時転用改造が止まりました。
運用を離脱した車両は、一旦大宮総合車両センター東大宮センター（東大宮操車場）に疎開されます。その後、長野総合車両センターに1次配給され、転用対象車の大部分は地方に2次配給されます。サイトでは、東大宮疎開は編成単位のため「京浜東北線からの転出」に、残りの疎開はこのページにまとめました。
一連の疎開で、最長の疎開は、桐生に疎開していたウラ55編成、次が高萩に疎開していたウラ42編成でした。

車番背景色の例

解体される/解体された可能性が高い車両
保管中の車両
搬出された車両

長野総合車両センター留置（長野）

				◇		６ドア車			◇
回数	編成	クハ209	サハ209	モハ209	モハ208	サハ208	サハ209	サハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ37	38	144	75	75	2	145	146	76	76	38	07/12/14	---	長野入
02	ウラ1	1	1	1	1	14	3	4	2	2	1	08/01/20	全車解体
03	ウラ4	4	13	7	7	17	15	16	8	8	4	08/02/06	全車解体
04	ウラ3	3	9	5	5	16	11	12	6	6	3	08/02/21	全車解体
05	ウラ27	28	105	55	55	40	107	108	56	56	28	08/02/26	08/08/21	直江津
06	ウラ33	34	129	67	67	46	131	132	68	68	34	08/03/05	08/07/25	直江津
07	ウラ5	5	17	9	9	18	19	20	10	10	5	08/03/11	全車解体
08	ウラ6	6	21	11	11	19	23	24	12	12	6	08/03/18	09/09/30	一ノ関
09	ウラ19	20	73			32	75	76			20	08/04/08	08/08/01	尾久
				39	39				40	40		08/04/08	---	長野入
10	ウラ7	7	25	13	13	20	27	28	14	14	7	08/04/15	09/12/24	大宮
11	ウラ8	8	29	15	15	21	31	32	16	16	8	08/04/22	09/07/29	仙台
12	ウラ9	9	33	17	17	22	35	36	18	18	9	08/05/08	09/12/03	郡山入
13	ウラ12	12	45	23	23	25	47	48	24	24	12	08/05/13	08/08/27	青森
14	ウラ10	10	37	19	19	23	39	40	20	20	10	08/05/20	09/09/02	桐生
15	ウラ2	2	5	3	3	15	7	8	4	4	2	08/07/01	---	長野入
16	ウラ11	11	41	21	21	24	43	44	22	22	11	08/07/15	09/07/23	郡山入
17	ウラ73	75	217	149	149	73	218	219	150	150	75	08/07/23	08/07/25	直江津
18	ウラ72	74	214	147	147	72	215	216	148	148	74	08/07/29	08/08/01	尾久
19	ウラ74	76	220	151	151	74	221	222	152	152	76	08/08/05	08/08/21	直江津
20	ウラ75	77	223	153	153	75	224	225	154	154	77	08/08/19	08/08/27	青森
21	ウラ14	15	53	29	29	27	55	56	30	30	15	08/08/26	08/09/17	郡山入
22	ウラ76	78	226	155	155	76	227	228	156	156	78	08/09/02	08/09/17	郡山入
23	ウラ13	14	49	27	27	26	51	52	28	28	14	08/09/09	09/08/06	直江津
24	ウラ15	16	57	31	31	28	59	60	32	32	16	08/09/16	---	長野入
25	ウラ16	17	61	33	33	29	63	64	34	34	17	08/09/30	08/10/16	青森
26	ウラ77	79	229	157	157	77	230	231	158	158	79	08/10/07	08/10/16	青森
27	ウラ17	18	65	35	35	30	67	68	36	36	18	08/10/15	09/10/07	秋田入
28	ウラ22	23	85	45	45	35	87	88	46	46	23	08/10/28	08/11/06	桐生
29	ウラ18	19	69	37	37	31	71	72	38	38	19	08/11/04	09/12/16	直江津
30	ウラ24	25	93	49	49	37	95	96	50	50	25	08/11/12	08/11/26	桐生
31	ウラ25	26	93	51	51	38	95	96	52	52	26	08/11/26	08/12/03	高萩
32	ウラ20	21	77	41	41	33	79	80	42	42	21	08/12/02	08/12/17	秋田入
33	ウラ28	29	109	57	57	41	111	112	58	58	29	08/12/09	08/12/17	秋田入
34	ウラ21	22	81	43	43	34	83	84	44	44	22	08/12/16	09/01/14	秋田入
35	ウラ30	31	117	61	61	43	119	120	62	62	31	08/12/23	09/01/14	秋田入
36	ウラ23	24	89	47	47	36	91	92	48	48	24	09/01/14	---	長野入
37	ウラ36	37	141			1	142	143	74	74	37	09/01/20	09/02/04	郡山入
				73	73							09/01/20	---	長野入
38	ウラ26	27	97	53	53	39	99	100	54	54	27	09/02/03	09/03/04	仙台
39	ウラ38	39	147	77	77	3	148	149	78	78	39	09/02/17	09/03/04	仙台
40	ウラ29	30	113	59	59	42	115	116	60	60	30	09/03/03	09/03/25	仙台
41	ウラ39	40	150	79	79	4	151	152	80	80	40	09/03/17	09/03/25	仙台
42	ウラ31	32	121	63	63	44	123	124	64	64	32	09/03/24	09/04/22	青森
43	ウラ78	80	232	159	159	78	233	234	160	160	80	09/03/31	09/04/22	青森
44	ウラ67	69	199	137	137	67	200	201	138	138	69	09/04/07	09/04/14	大宮入
45	ウラ40	41	153	81	81	5	154	155	82	82	41	09/04/21	09/04/29	桐生
46	ウラ41	42	156	83	83	6	157	158	84	84	42	09/05/01	09/05/13	尾久
47	ウラ42	43	159	85	85	7	160	161	86	86	43	09/05/12	09/05/20	高萩
48	ウラ43	44	162	87	87	8	163	164	88	88	44	09/05/19	09/05/27	桐生
49	ウラ44	45	165	89	89	9	166	167	90	90	45	09/05/26	09/06/03	高萩
50	ウラ45	46	168	91	91	10	169	170	92	92	46	09/06/02	09/06/10	深谷
51	ウラ46	47	171	93	93	11	172	173	94	94	47	09/06/06	09/06/26	尾久
52	ウラ47	48	174	95	95	12	175	176	96	96	48	09/06/17	09/06/24	高萩
53	ウラ48	49	177	97	97	13	178	179	98	98	49	09/06/23	09/07/01	高萩
54	ウラ32	33	125	65	65	45	127	128	66	66	33	09/06/30	09/07/08	北長野
55	ウラ34	35	133	69	69	47	135	136	70	70	35	09/07/07	09/07/15	東京入
56	ウラ35	36	137	71	71	48	139	140	72	72	36	09/07/14	09/07/23	郡山入
57	ウラ49	50	180	99	99	49	50	122	100	100	50	09/07/19	09/07/29	仙台
58	ウラ50	51	181	101	101	50	54	126	102	102	51	09/07/28	09/08/06	直江津
59	ウラ51	52	182	103	103	51	58	130	104	104	52	09/08/04	09/08/12	尾久
60	ウラ65	66	196	131	131	65	110	114	132	132	66	09/08/11	09/08/19	高萩
61	ウラ58	59	189	117	117	58	78	82	118	118	59	09/08/18	09/08/26	尾久
62	ウラ54	55	185	109	109	54	14	70	110	110	55	09/08/25	09/09/02	桐生
63	ウラ55	56	186	111	111	55	10	66	112	112	56	09/09/01	09/09/09	桐生
64	ウラ56	57	187	113	113	56	18	138	114	114	57	09/09/08	09/09/16	北長野
65	ナハ1	13		25	25				26	26	13	09/09/10	全車解体
66	ウラ53	54	184	107	107	53	6	62	108	108	54	09/09/15	09/09/30	一ノ関
67	ウラ60	61	191			60	30	90	122	122	61	09/09/29	09/10/16	秋田入
				121	121							09/09/29	09/10/07	秋田入
68	ウラ70	72	208			70	209	210	144	144	72	09/10/06	---	長野入
				143	143							09/10/06	09/12/03	郡山入
69	ウラ68	70	202	139	139	68	203	204	140	140	70	09/10/14	09/10/21	高萩
70	ウラ71	73	211	145	145	71	212	213	146	146	73	09/10/20	09/10/28	新潟
71	ウラ69	71	205	141	141	69	206	207	142	142	71	09/10/27	09/11/11	酒田
72	ウラ57	58	188	115	115	57	22	74	116	116	58	09/11/10	09/11/18	尾久
73	ウラ61	62	192	123	123	61	34	94	124	124	62	09/11/17	09/11/26	深谷
74	ウラ63	64	194	127	127	63	42	102	128	128	64	09/11/25	09/12/16	直江津
75	ウラ59	60	190	119	119	59	26	86	120	120	60	09/12/08	12/08/06	秋田入
76	ウラ62	63	193	125	125	62	38	98	126	126	63	09/12/15	09/12/24	大宮入
77	ウラ66	67	197			66	118	198	134	134	67	09/12/27	---	長野入
				133	133							09/12/27	---	長野入
78	ウラ64	65	195	129	129	64	46	106	130	130	65	10/02/02	---	長野入
79	ウラ52	53	183	105	105	52	2	134	106	106	53	10/02/17	---	長野入

車番背景色の例

保管中の車両
搬出された車両

直江津駅留置（直江津）

			◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ33 ウラ73	34	149	149	34	08/07/25	09/07/21	長野入
		75	150	150	75	08/07/25	09/06/08	長野入
02	ウラ27 ウラ74	28	151	151	28	08/08/21	09/11/05	長野入
		76	152	152	76	08/08/21	09/09/24	長野入
03	ウラ13 ウラ50	14	101	101	14	09/08/06	10/11/04	長野入
		51	102	102	51	09/08/06	10/08/26	長野入
04	ウラ18 ウラ63	19	127	127	19	09/12/16	11/05/12	長野入
		64	128	128	64	09/12/16	11/04/01	長野入

尾久車両センター留置（尾久）

			◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ19 ウラ72	20	147	147	20	08/08/02	09/01/31	大宮入
		74	148	148	74	08/08/02	11/04/05	大宮入

			◇		◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
02	ウラ41	42	83	83	84	84	42	09/05/14	09/05/26	大宮入
03	ウラ46	47	93	93	94	94	47	09/06/27	09/11/16	東京入
04	ウラ51	52	103	103	104	104	52	09/08/13	12/03/30	大宮入
05	ウラ58	59	117	117	118	118	59	09/08/27	10/04/01	大宮入
06	ウラ57	58	115	115	116	116	58	09/11/19	11/04/27	東京入

青森車両センター留置（青森）

			◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ12 ウラ75	12	153	153	12	08/08/28	(*1)	秋田入
		77	154	154	77	08/08/28	10/04/23	秋田入
02	ウラ16 ウラ77	17	157	157	17	08/10/17	(*1)	秋田入
		79	158	158	79	08/10/17	10/08/20	秋田入
03	ウラ31 ウラ78	32	159	159	32	09/04/23	11/01/21	秋田入
		80	160	160	80	09/04/23	(*2)	秋田入

(*1) - 一方は10/09/28に秋田入場、もう一方は2010年9月末までに入場
(*2) - 2011年3月末までに入場

仙台車両センター留置（仙台）

			◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ26 ウラ38	27	77	77	27	09/03/05	09/10/23	郡山入
		39	78	78	39	09/03/05	09/10/23	郡山入
02	ウラ29 ウラ39	30	79	79	30	09/03/26	10/09/03	郡山入
		40	80	80	40	09/03/26	10/10/22	郡山入
03	ウラ8 ウラ49	8	99	99	8	09/07/30	10/12/21	郡山入
		50	100	100	50	09/07/30	11/02/02	郡山入

高崎総合訓練センター留置（桐生）

			◇		◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ22	23	45	45	46	46	23	08/11/07	09/01/26	東京入
02	ウラ24	25	49	49	50	50	25	08/11/28	09/03/06	東京入
03	ウラ40	41	81	81	82	82	41	09/04/30	09/05/15	東京入
04	ウラ43	44	87	87	88	88	44	09/05/28	09/08/18	大宮入
06	ウラ55	56	111	111	112	112	56	09/09/10	12/08/02	東京入

			◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
05	ウラ10 ウラ54	10	109	109	10	09/09/03	10/05/27	大宮入
		55	110	110	55	09/09/03	11/06/01	郡山入

高萩駅留置（高萩）

			◇		◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ25	26	51	51	52	52	26	08/12/04	10/06/03	東京入
02	ウラ42	43	85	85	86	86	43	09/05/21	12/04/11	東京入
03	ウラ44	45	89	89	90	90	45	09/06/04	09/09/08	東京入
04	ウラ47	48	95	95	96	96	48	09/06/25	11/02/28	東京入
05	ウラ48	49	97	97	98	98	49	09/07/02	10/08/25	東京入
06	ウラ65	66	131	131	132	132	66	09/08/20	10/02/25	東京入
07	ウラ68	70	139	139	140	140	70	09/10/22	12/06/04	秋田入

深谷駅留置（深谷）

			◇		◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ45	46	91	91	92	92	46	09/06/10	09/10/07	大宮入
02	ウラ61	62	123	123	124	124	62	09/12/01	10/03/16	東京入

元ウラ61編成6両は11/27に高崎まで配給。12/1に首都圏で方向転換を行い到着。

北長野駅留置（北長野）

			◇		◇
回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ32	33	65	65	66	66	33	09/07/08	12/04/02	郡山入
02	ウラ56	57	113	113	114	114	57	09/09/16	12/03/05	秋田入

一ノ関駅留置（一ノ関）

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回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ6 ウラ53	6	107	107	6	09/10/01	10/04/20	郡山入
		54	108	108	54	09/10/01	10/06/11	郡山入

新潟車両センター留置（新潟）

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回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ71	73	145	145	146	146	73	09/10/28	12/06/12	東京入

酒田駅留置（酒田）

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回数	編成	クハ209	モハ209	モハ208	モハ209	モハ208	クハ208	搬入日	搬出日	行先
01	ウラ69	71	141	141	142	142	71	09/11/12	11/04/09	秋田入