全車両が新潟車両センターへ転属することになりました。基本編成7連8本が特急「いなほ」用1000番台に、付属編成4連4本が（従来の特急「北越」、快速「くびき野」を再編した）特急「しらゆき」用1100番台に改造される予定でしたが、一部で編成の組み換えが生じました。

転属計画

E653系7連8本・4連4本 - 勝田車両センターから転配

1000番台は転属にあたり、クハE652形のグリーン車への改造が行われました。1000番台、1100番台ともに耐寒耐雪構造の強化、塗装の変更などの改造がされました。

「いなほ」用1000番台

	←新潟　　　　酒田・秋田→ 新潟車両センターE653系1000番台
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編成	クハE653	モハE652	モハE653	サハE653	モハE652	モハE653	クロE652	入場	出場
U-101	1001	1001	1001	1001	1002	1002	1001	13/02/28	13/06/25
	1	1	1	1	2	2	Tc'1	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK301
U-102	1002	1003	1003	1002	1004	1004	1002	13/06/04	13/08/28
	2	3	3	2	4	4	Tc'2	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （新潟より入場）
	カツK302
U-103	1003	1005	1005	1003	1006	1006	1003	13/07/26	13/10/31
	3	5	5	3	6	6	Tc'3	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （新潟より入場）
	カツK303
U-104	1004	1007	1007	1004	1008	1008	1004	13/10/09	14/01/09
	4	7	7	4	8	8	Tc'4	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （新潟より入場）
	カツK304
U-105	1005	1009	1009	1005	1010	1010	1005	13/12/11	14/03/18
	5	9	9	5	10	10	Tc'5	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK305
U-106	1006	1011	1011	1006	1012	1012	1006	14/03/19	14/06/19
	6	11	11	6	12	12	Tc'6	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （新潟より入場）
	カツK306
U-107	1007	1013	1013	1007	1014	1014	1007	14/05/29	14/09/01
	7	13	13	7	14	14	Tc'7	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK307
U-108	1008	1015	1015	1008	1016	1016	1008	(*1)	15/03/26
	104	15	15	8	20	20	Tc'104	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK354	カツK308			カツK354

「しらゆき」用1100番台

	←新潟　　　　上越妙高→ 新潟車両センターE653系1100番台
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編成	クハE653	モハE652	モハE653	クハE652	入場	出場
H-202	1102	1102	1102	1102	14/08/28	14/10/27
	102	18	18	102	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK352
H-201	1101	1101	1101	1101	14/07/25	14/12/01
	102	17	17	101	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK351
H-204	1104	1104	1104	1104	14/11/07	15/02/26
	8	16	16	8	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK308
H-203	1103	1103	1103	1103	14/12/26	15/03/04
	103	19	19	103	郡山総合車両ｾﾝﾀｰ （疎開せず入場）
	カツK353

凡例

(*1) - 14/11/07に元カツK308編成、14/10/03に元カツK354編成が入場。