現在、組み込みが確認されている編成の一覧です。形式内全編成の詳細は車両概要：E653系をご確認ください。

新潟車両センター所属

6編成（6両）

方面	新潟 酒田 / 秋田 新潟車両センター所属E653系1000番台
号車	7号車	6号車	5号車	4号車	3号車	2号車	1号車
		WC	__＞_	WC	WC	__＞_	WC
	クハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	サハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	クロE652 1000A グリーン
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勝田車両センター所属

1編成（1両）

方面	勝田車両センター所属E653系1000番台
号車	7号車	6号車	5号車	4号車	3号車	2号車	1号車
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	クハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	サハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	クロE652 1000A グリーン
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勝田車両センター所属

1編成（1両）

方面	勝田車両センター所属E653系1000番台
号車	7号車	6号車	5号車	4号車	3号車	2号車	1号車
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	クハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	サハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	クロE652 1000A グリーン
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