現在、組み込みが確認されている編成の一覧です。形式内全編成の詳細は車両概要：E653系をご確認ください。

新潟車両センター所属

6編成（12両）

方面	新潟 酒田 / 秋田 新潟車両センター所属E653系1000番台
号車	7号車	6号車	5号車	4号車	3号車	2号車	1号車
		WC	__＞_	WC	WC	__＞_	WC
	クハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	サハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	クロE652 1000A グリーン
形式詳細	詳細	詳細	表示中	詳細	詳細	表示中	詳細

勝田車両センター所属

1編成（2両）

方面	勝田車両センター所属E653系1000番台
号車	7号車	6号車	5号車	4号車	3号車	2号車	1号車
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	クハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	サハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	クロE652 1000A グリーン
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勝田車両センター所属

1編成（2両）

方面	勝田車両センター所属E653系1000番台
号車	7号車	6号車	5号車	4号車	3号車	2号車	1号車
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	クハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	サハE653 1000A クロス	モハE652 1000A クロス	モハE653 1000A クロス	クロE652 1000A グリーン
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