1992年3月から1992年4月にかけて、民営化後初めての通勤型試作車として、901系A/B/C編成（後の209系900～920番台）が登場しました。
国鉄最終期の、ランニングコストを抑える思想を忠実に具体化した901系は、細部が異なる3本を新造することで様々な部分を比較し、209系以降の車両群のベースとなりました。
このように、試作編成を30両も作って、実験、研究を行う事は非常に稀で、ＪＲ東日本が901系にかけた期待の大きさは計り知れません。また、この901系を間接的に置き換えたE231系も、ドア窓などに901系の面影が残る形式でした。いかに901系が先見的な構造だったかが良く分かります。

209系以降の系列は、制御系の電子部品の寿命が13年ほどとされており、900～920番台も例外ではありません。試作車ゆえの構造の違いや、取り扱いの違いもあり、2006年度中の廃車が噂されました。
当時、209系量産車は、全車両が機器更新を施工し、もう13年の活躍が見込まれていたため、量産車に比べてかなり早い廃車となる見込みでした。また、新しい訓練車は、この試作車を使う事を軸にして計画が進んでいたようです。中央線に次ぐE233系の投入も、埼京線方面への投入を計画していたとの噂です。
最終的には、2006年下半期に中央総武緩行線にE231系新造車3本を投入、それにより、209系500番台3本が2006年度末までに京浜東北線に転属し、試作車を廃車に追いやる事になりました。

東急車輛製造で、10連3本が新造されました。

	←千葉　　三鷹車両センター所属中央総武緩行線用Ｅ２３１系０番台　　三鷹→
	１号車	２号車	３号車	４号車	５号車	６号車	７号車	８号車	９号車	10号車
			＞		６ドア車			＞
編成	クハE231	サハE231	モハE231	モハE230	サハE230	サハE231	サハE231	モハE231	モハE230	クハE230	製造	年月日*E
B80	80	217	140	140	44	218	219	141	141	80	東急	06/10/19
B81	81	220	142	142	45	221	222	143	143	81	東急	06/11/07
B82	82	223	144	144	46	224	225	145	145	82	東急	06/11/22

量産車の車体保全工事用の予備車として、まずミツ515編成が2005年10月から2006年3月にかけて浦和電車区に貸し出されました。改造は東京総合車両センターで行われ、D-ATCなどの取り付けが行われました。2005年の東京総合車両センター一般公開のとき、ミツ515編成の貸出目的、改造内容などが公表されています。
2005年度末の返却の際は、その後の試作車置き換え計画を見据えて、D-ATCなどを撤去せずに返却される事になりました。
2006年10月以降、このミツ515編成を含めた3編成が、正式に浦和電車区に転属、試作車を置き換えました。転属時点で、すでに京葉電車区への転属計画があったため、改造箇所が最小限に留められています。

	←大宮　　浦和電車区所属京浜東北線用２０９系５００番台　　大船→
	10号車	９号車	８号車	７号車	６号車	５号車	４号車	３号車	２号車	１号車
			＜					＜
編成	クハ２０９	サハ２０９	モハ２０９	モハ２０８	サハ２０９	サハ２０９	サハ２０９	モハ２０９	モハ２０８	クハ２０８	製造	年月日*E
82	513	549	525	525	550	551	552	526	526	513	新津	00/01/27
83	514	553	527	527	554	555	556	528	528	514	新津	00/02/10
84	515	557	529	529	558	559	560	530	530	515	新津	00/02/28

2006年度末までにウラ91、92編成が離脱しました。ウラ90編成はしばらく予備として残っていましたが、2007年8月28日に東京総合車両センターに入場、サハ209-901を抜き取り、8月30日に東大宮に疎開しました。

	←大船　　浦和電車区所属京浜東北線用２０９系０番台　　大宮→
	10号車	９号車	８号車	７号車	６号車	５号車	４号車	３号車	２号車	１号車
			◇					◇			最終 確認日	東大宮 疎開	北長野 配給
編成	クハ209	サハ209	モハ208	モハ209	サハ209	サハ209	サハ209	モハ208	モハ209	クハ208
ウラ90 △置換 ウラ82	901	901	901	901	902	903	904	902	902	901	07/08/20 (---)	07/08/30	08/01/11 配給
	保管	試験	解体
ウラ91 △置換 ウラ84	911	911	911	911	912	913	914	912	912	911	06/12/19 (31A)	06/12/26	07/01/24 配給
	解体
ウラ92 △置換 ウラ83	921	921	921	921	922	923	924	922	922	921	07/03/03 (10A)	07/03/07	07/12/21 配給
	解体

東京総合車両センターで抜き取られたサハ209-901は、他形式の廃車2両（モハ113-1085、サハ201-55）と共に、2007年10月05日に川崎埠頭に輸送、その後、旧鎌倉総合車両センターに搬入され、2008年2月から強度試験、転覆試験などに使われています。
私が2008年3月中旬に行ったときには、113系だけが隅のほうに寂しく留置されていました。

2009年3月にサハ209-901は解体されました。

2008年1月にウラ90編成（9両編成）が長野総合車両センターに到着した後も、クハ209-901のみが解体を免れ、長野総合車両センター構内で保管されていました。
2010年3月20日、長野総合車両センター構内の解体場所でトレーラーに乗せられ、21日未明に東京総合車両センターへ搬入されました。26日には東京総合車両センター正門前の、クモハ101-902が展示されていたスペースに置かれているのが確認されました。

その後、JR東日本の通勤型車両の礎として同所で保存されています。