昨日、5/14の出来事かと思います。

京急線では1000形の1200番台と1600番台の一部に採用されていましたが、これを機にタイプが統一されそうですね。

この状況を鑑みると余程のことがない限りはあと1回甲種輸送があるでしょうか

推測に過ぎませんが、中央本線を経由せずに長野に配給するのはほぼ無いと思いますので郡山への配給が有力でしょうか。
251系は4本4運用で、ダイヤ改正の前週まで臨時列車が設定されていますので、ダイヤ改正前の運用離脱は無さそうですね。