1都3県（東京・神奈川・千葉・埼玉）の車両配置区所

豊田車両センター

中央快速線など中央快速線中央快速・青梅線など

三鷹車両センター

東西線直通中央・総武緩行線

京葉車両センター

武蔵野線など京葉線など京葉線

幕張車両センター

内房・外房・鹿島線など内房・外房・成田・総武線などBOSO BICYCLE BASEさざなみ・わかしお・しおさい・波動用さざなみ・わかしお・しおさい久留里線

さいたま車両センター

京浜東北線

川越車両センター

埼京・川越線八高・川越線MUE-train

東京総合車両センター

山手線牽引車特別車両

松戸車両センター

常磐緩行線常磐快速線

鎌倉車両センター本所

総武快速・横須賀線など横浜・根岸線成田エクスプレス

鎌倉車両センター中原支所

鶴見線南武線南武支線元・鶴見線大川支線向け事業用（燃料電池試験車両）

国府津車両センター

相模線など上野東京ラインなどライナー運用

1都3県を除く地域の車両配置区所

仙台車両センター

東北・仙台空港線仙石線仙山・常磐・東北線フルーティアふくしま

小山車両センター

烏山線日光線など上野東京ラインなど

勝田車両センター

非営業常磐線・東北線など常磐線など常磐線波動用検測車（East i-E）ひたち・ときわ

長野総合車両センター

信越・篠ノ井・中央線など飯山・上越・北しなの線リゾートビューふるさとおいこっと

高崎車両センター

上越・両毛・吾妻線など華リゾートやまどり