1都3県（東京・神奈川・千葉・埼玉）の車両配置区所

豊田車両センター

相模線武蔵野線など中央本線中央快速線など中央快速・青梅線など牽引車

三鷹車両センター

東西線直通中央・総武緩行線（旧B編成）中央・総武緩行線（新B編成）中央・総武緩行線（A編成）中央・総武緩行線中央・総武線牽引車

京葉車両センター

武蔵野線など京葉線など京葉線

幕張車両センター

総武快速・横須賀線など内房・外房・鹿島線など内房・外房・成田・総武線など「BOSO BICYCLE BASE」用牽引車ニューなのはなさざなみ・わかしお・しおさい・波動用さざなみ・わかしお・しおさい久留里線

さいたま車両センター

山手線（浦和電車区貸出）京浜東北線（元901系）京浜東北線牽引車

川越車両センター

多目的試験車両「MUE-Train」用（第2期）多目的試験車両「MUE-Train」用（第1期）埼京線埼京・川越線八高・川越線牽引車

東京総合車両センター

横浜線（山手電車区貸出）山手線配給車牽引車特別車両検測車

松戸車両センター

常磐緩行線など常磐緩行線常磐快速線

鎌倉車両センター本所

総武快速・横須賀線など横浜線横浜・根岸線牽引車成田エクスプレス

鎌倉車両センター中原支所

鶴見線など鶴見線南武線南武支線元・鶴見線大川支線向け牽引車事業用（燃料電池試験車両）

国府津車両センター

相模線など相模線東海道線など上野東京ラインなどライナー運用牽引車IZU CRAILE（伊豆クレイル）

1都3県を除く地域の車両配置区所

仙台車両センター

東北・仙台空港線仙石線仙山・常磐・東北線フルーティアふくしま牽引車

小山車両センター

烏山線日光線など日光線宇都宮線宇都宮地区宇都宮・高崎線など上野東京ラインなどJT「いろは」用牽引車宴・華NE Train スマート電池くん

勝田車両センター

常磐線など常磐線波動用検測車（East i-E）スーパーひたち・フレッシュひたちゆうひたち・ときわ

長野総合車両センター

信越・篠ノ井・中央線など牽引車彩飯山・上越・北しなの線リゾートビューふるさとおいこっと

高崎車両センター

高崎線など宇都宮・高崎線など上越・両毛・吾妻線など華牽引車宴リゾートやまどり