1都3県（東京・神奈川・千葉・埼玉）の車両配置区所

三鷹車両センター

東西線直通中央・総武緩行線

豊田車両センター

中央快速線など中央快速線中央快速・青梅線など

京葉車両センター

武蔵野線など京葉線など

幕張車両センター

内房・外房・鹿島線など内房・外房・成田・総武線などBOSO BICYCLE BASEさざなみ・わかしお・しおさい・波動用さざなみ・わかしお・しおさい久留里線

川越車両センター

埼京・川越線八高・川越線MUE-train

大宮総合車両センター

踊り子・湘南踊り子・あかぎ・草津・他踊り子・あかぎ波動用日光・きぬがわサフィール踊り子あかぎ・草津

さいたま車両センター

京浜東北線

旧・田町車両センター

松戸車両センター

常磐緩行線常磐快速線

尾久車両センター

事業用（車両輸送）なごみTRAIN SUITE 四季島事業用（定尺レール輸送）事業用（ロングレール輸送）

東京総合車両センター

山手線牽引車特別車両

国府津車両センター

相模線など相模線上野東京ラインなど

鎌倉車両センター本所

総武快速・横須賀線など横浜・根岸線成田エクスプレス

鎌倉車両センター中原支所

鶴見線南武線南武支線元・鶴見線大川支線向け事業用（燃料電池試験車両）

1都3県を除く地域の車両配置区所

仙台車両センター

東北・仙台空港線仙石線仙山・常磐・東北線フルーティアふくしま

小牛田運輸区

陸羽東・陸羽西・石巻線仙石東北ライン・石巻線事業用（定尺レール輸送）事業用（ロングレール輸送）みのりびゅうコースター風っこ

郡山総合車両センター

磐越東・東北線只見線

小山車両センター

烏山線日光線・JT用日光線など宇都宮線上野東京ラインなど

山形新幹線車両センター

奥羽線（山形線）左沢線

新潟車両センター

白新・羽越・信越線など弥彦・越後線しらゆきいなほ

新津運輸区

越乃Shu*Kura米坂・磐越西・羽越線など

勝田車両センター

非営業常磐線・東北線など常磐線など波動用検測車（East i-E）ひたち・ときわ

水郡線統括センター

水郡線

盛岡車両センター

東北・いわて銀河鉄道線釜石・花輪・山田線など釜石・東北線SL銀河Kenji

一ノ関運輸区

北上・大船渡・東北線POKEMON with YOUトレイン

八戸運輸区

大湊線八戸線リゾートうみねこリゾートあすなろTOHOKU EMOTION

秋田総合車両センター

羽越・奥羽線男鹿線田沢湖線つがる男鹿・五能・津軽線検測車（East i-D）リゾートしらかみあきたクルーズ号CRUISING TRAIN

松本車両センター

信越・篠ノ井・中央線などあずさ・かいじ・はちおうじ・富士回遊あずさ・かいじ・はちおうじ・おうめ

長野総合車両センター

信越・篠ノ井・中央線など飯山・上越・北しなの線リゾートビューふるさとおいこっと

小海線統括センター

小海線HIGH RAIL 1375

高崎車両センター

上越・両毛・吾妻線など華リゾートやまどり

ぐんま車両センター

八高線事業用（砕石輸送）